תכנון תוכנית הלימודים של בית הספר הצומח לחינוך מיוחד מבוססת על הנחות היסוד שמציג משרד החינוך.
תכנון לימודים משקף את מטרת ה"על" של החינוך המיוחד, והיא: כל תלמיד עם צרכים מיוחדים ישתלב באופן מיטבי בחברה ובקהילה.

תיכנון הלימודים כולו מבוסס על תוכניות הלימודים של החינוך הרגיל,, במטרה להתאים ככל האפשר את התכנים אותם לומדים התלמידים בעלי הצרכים המיוחדים לתכנים אותם לומדים התלמידים בכיתות הרגילות, ובדרך זו לאפשר מידי פעם פעילויות לימודיות משותפות לכלל הלומדים. מיומנויות הלמידה המיוחדות להן זקוקים התלמידים בעלי הצרכים המיוחדים יהוו את הייחוד בתוכניות הלימודים ולא התכנים.  הקדימות בלימוד בבית הספר תהיה בנושא פיתוח האישיות האוטונומית, וההוראה המובנית תעשה על מנת לשרת קדימות זו. התלמידים לומדים נושאים וכישורים שישרתו אותם בחייהם וישפרו את איכות חייהם.

מיקומו הייחודי של בית הספר, בצמוד לבית ספר רגיל ובכפר חקלאי עם מגוון פעילויות ומתחומי הטבע והסביבה, מאפשר באופן טבעי את ראשיתו של תהליך השילוב החברתי של התלמידים. התלמידים ישולבו בחברה רגילה במגוון הזדמנויות: מקצועות לא-אקדמיים (ספורט, אומנות, חברה, מוסיקה), פעילויות בטבע (חקלאות, חיות, הכנת מוצרים), ספריה, טיולים, מופעים ועוד (כל אחד לפי יכולתו וצרכיו). כמו כן, משולבים התלמידים בפעילויות רבות, במתחמים משותפים, שאינן פעילויות למידה רשמיות (לדוגמא במסגרת ההפסקות - האם באמת אפשר לקיים??)). מעבר לכך, הקו המנחה להקמת בית הספר מתמקד בשילוב התלמידים בחברה הרגילה, כך שתוכניות הלימודים האישיות, הכיתתיות והבית ספריות יובילו לשילוב מיטבי בתחומי חיים רבים.

מתכנני תוכנית הלימודים האישית של הלומדים בבית הספר מעוניינים שהתלמידים יהיו לומדים פעילים במהלך כל היום בבית הספר. לכן, כבסיס לבניית כל תוכנית אישית, ברור שעל התלמיד להיות לומד פעיל כל שעות שהייתו בבית הספר.
הצוות החינוכי-טיפולי אחראי על עריכת התוכנית על כל תחומיה ותוכניות ההוראה, הכל בהתאם להנחיות משרד החינוך.
כל תוכנית לימודים: אישית, כיתתית, או בית ספרית, תהיה פועל יוצא של עבודת צוות המורים והמטפלים בבית הספר. לכל תוכנית ישנו מעקב צמוד של צוות המטפלים והמחנכים, תוך הקפדה על הסכמה ושיתוף פעולה של ההורים והתלמיד עצמו.

מבנה בסיסי של תוכנית הלימודים בכיתה לחינוך מיוחד דומה למבנה של כל תוכנית לימודים לכל אוכלוסיית התלמידים באשר היא, וכולל תיאור של: מקצועות, תחומי לימודים ונושאים, ארגון הזמן וארגון קבוצות למידה, תיאור חומרי למידה ושיטות הוראה, תיאור דרכי הוראה ואמצעי הערכה, וכן את תפקידי הצוות העובד בכיתה.

על-פי הנדרש, במהלך תכנון הלימודים למסגרת בית הספר הצומח לחינוך מיוחד, מושקעת חשיבה רבה המתייחסת לשונות הרבה הקיימת בין התלמידים בתוך אותה כיתה, ובבית הספר. שונות זו באה לידי ביטוי הן בצרכים המיוחדים המוגדרים לכל אחד מהתלמידים, והן מבחינה רגשית, תרבותית ובתפיסתם את עצמם כחלק מהחברה הסובבת אותם. כמו כן, קיימת התייחסות לטווח הגילאים הרחב בתוך אותו בית ספר. על כן תכנון הלימודים מתבצע בשלוש רמות: בית ספרית, כיתתית ואישית. תוצרי התכנון יהיו תוכניות שונות, בהתאם להמלצות משרד החינוך

כפי שפורט במטרות הקמת בית הספר, מטרת תוכניות הלימודים כולן היא לקדם את התלמידים מבחינה אקדמית, חברתית ורגשית, ובעיקר להכינם לחיים עתידיים כבוגרים המשתלבים ומשתתפים בחברה ובקהילה. 
לצורך כך ימוקדו מעגלי הלמידה בתחומים הקונקרטיים, שיתוף ושיחה, תעסוקה, עיון וידע ומעגלי עצמאות. זאת יעשה בהתאם לתוכנית הלמידה המפורטת, מגוון הפעילויות השונות שמספק בית הספר והסביבה הכפרית ושילוב התלמידים בסביבה הרגילה.