תוכנית הליבה של בית הספר תיושם בהתאם ובכפוף להנחיות משרד החינוך, ומבוססת על תוכנית הלימודים המוצעת ע"י האגף לתכנון ולפיתוח תוכניות לימודים במשרד החינוך והגורמים המקצועיים.היא תתמקד בהכנה לחיי עצמאות, תוך תגבור לימודי הטבע והסביבה, חברה ואומנויות.דגש יושם על גיוון שיטות ההוראה ושילוב התלמידים בבית הספר "גן רווה" הסמוך.

להלן הנקודות העיקריות בתוכנית הליבה של בית הספר בטב"ע:

א. "הכנה לחיים עצמאיים" על פי העקרונות של תוכנית הלימודים לקראת בגרות (ל"ב 21) על כל חלקיה. התכנון כולל את התחומים הבאים: חיים חברתיים בקהילה, עולם העבודה, תרבות פנאי, שימוש בשירותים בקהילה, בריאות והיגיינה אישית, חינוך חברתי מיני, חינוך לחיי משפחה, דיור ומגורים בקהילה, זהירות ובטיחות בדרכים (זה"ב).

ב. חינוך לשוני. כולל את הכרת כללי השפה, השימושים הנכונים בשפה, העשרת אוצר המילים ובניית תקשורת מילולית תקינה בין התלמידים לסובבים אותם.

ג. חינוך מתמטי. התוכנית כוללת את כל השלבים, מהכרת מושגי היסוד בחשבון, תוך יישומם בתחומי היומיום, ועד לשימוש יעיל בפעולות החשבון השונות.

ד. תקשוב, מדע וטכנולוגיה. על בסיס תוכנית הלימודים במדעים משולבים מושגים ותכני ידע מגוונים, שיתרמו הן להעשרת הידע הכללי של הלומדים והן לקידומם הקוגניטיבי. בתוכנית זו יושם דגש רב על התאמת התכנים ומיומנויות הלמידה לצרכים של הלומדים, המיועדים להשתלב בחברה הסובבת אותם בבית הספר ובבית, ובכלל זה לימוד מדעי המחשב, ככלי עבודה, תקשורת ומידע, וכן על מדעי הטבע, כחלק מהיותו של בית הספר בעל אופי כפרי.

ה. מולדת, חברה, ומורשת. הואיל וצוות ההקמה של בית הספר הצומח לחינוך מיוחד מאמין, כי מטרתו העיקרית של בית הספר היא תרומה לשילובם העתידי של הלומדים בחברה, כבר מכיתה א' משולבים בתוכנית הלימודים בחינוך הלשוני מושגים בסיסיים הקשורים להיותם אזרחים במדינה. כמו כן משולבים במסגרת תוכניות הלימודים הכיתתיות יחידות לימוד הקשורות באקטואליה, תוך התאמה לגיל הלומדים ולצרכיהם המיוחדים. כל חגי ומנהגי ישראל משולבים במסגרת תוכניות הלימודים הכיתתיות והבית ספריות, זאת, על מנת לפתח ולהעצים את תחושת השייכות של הלומדים לסביבה בה הם חיים.

ו. יצירה ואומנויות. במסגרת תוכנית הלימודים הכיתתית והאישית משולבים שיעורי אומנות שונים. מתוקף היות התלמידים בעלי צרכים מיוחדים שונים, השימוש באומנות כאמצעי למידה והעשרה יהיה על בסיס קבוע בכל המקצועות, בנוסף לשיעורי אומנות קבועים במערכת.

ז. חינוך גופני. תוכנית הלימודים בתחום זה תותאם לצרכים המוטוריים של הלומדים. התלמידים לומדים במסגרת כיתתית, אך מקבלים גם תמיכה אינדיבידואלית לפי הצורך.

ח. אנגלית.